در حالی که شرکت‌های لیزینگ به عنوان نهادهای پولی تحت نظارت بانک مرکزی فعالیت می‌کنند و از منابع کاملاً خصوصی تأمین مالی می‌شوند، عدم تصمیم گیری صحیح سازمان امور مالیاتی چالش‌های جدی برای این صنعت ایجاد کرده است.
به موجب ماده 1 قانون بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران شرکت های لیزینگ از جمله شرکت های تحت نظارت بانک مرکزی می باشند.
بر اساس دستورالعمل "نحوه تشخیص و حذف مطالبات غیرقابل وصول از دفاتر مؤسسات اعتباری و افشای آن در صورت‌های مالی" مصوب سال ۱۳۹۱، شرکت‌های لیزینگ موظف به در نظر گرفتن مطالبات مشکوک‌الوصول در تسهیلات اعطایی خود شدند. این الزام همزمان به بانک‌ها و مؤسسات اعتباری نیز اجرایی شد.
در سال ۱۳۹۳، سازمان امور مالیاتی طی بخشنامه  شماره 138/93/200 مورخ 12/12/1393 هزینه مطالبات مشکوک‌الوصول بانک‌ها و مؤسسات اعتباری را جزو هزینه‌های قابل قبول مالیاتی محسوب نمود، در حالی که نام شرکت‌های لیزینگ در این بخشنامه ذکر نگردید. این موضوع طی سال‌های اخیر باعث ضرر و زیان چشمگیری برای شرکت‌های لیزینگ شده است.
در سال جاری، این مسئله از طریق شورای گفتگوی دولت و بخش خصوصی بار دیگر به سازمان امور مالیاتی جهت پذیرش هزینه های مطالبات مشکوک الوصول منعکس شد، اما معاونت حقوقی و فنی این سازمان همچنان از پذیرش هزینه‌های مذکور شرکت‌های لیزینگ امتناع نمود.
به نظر می‌رسد سازمان امور مالیاتی تمایلی به حل این چالش که ناشی از عدم هماهنگی مقررات میان نهادهای دولتی است، ندارد و شرکت های لیزینگ متحمل پیامد های ناشی از این ناهماهنگی شده‌اند.